機密文書は公的な秘密文書の事です。
なので、本来は「企業機密」とは言わないので「企業機密」ではなく「企業秘密」なのですが、企業が外部に公開するわけにはいかない情報も「機密」と呼んだりします。
公的な機密文書と言えば、WikiLeaksでも有名になった外交文書などです。
外交官が赴任先から本国への報告する際には、緊急を要するものでなければ外交用郵袋と言う、税関も通関もパス、誰も中を見てはいけない袋に入れて送られます。
また、周辺国についての評価や防衛費の内訳、兵器類の性能評価などが文書化されたものが機密文書となります。
諜報活動によって得た情報なども含まれます。
機密文書は、それを見ればその情報を得た手段が推測出来る、といった意味でも決して公には出来ません。
具体的な個人を特定できる場合もあり、相手国がそれを知れば即国外退去、悪くすれば逮捕・監禁されてしまいます。
各国とも、諜報活動やそれを防ぐ防諜活動に莫大な予算をつぎ込んでおり、その努力が無になるようなWikiLeaksによる機密文書公開は極めて危険と言えます。
逆に、国家による国民への陰謀などが機密文書公開によって明らかになるという事もあります。